
Al morir Piccolo y Kami Sama, han desaparecido una vez más las bolas de dragón de la Tierra. En Namek, planeta cuyos habitantes son de la raza de Piccolo y de Dios, también existen las bolas de dragón, más poderosas que las de la Tierra. De esta forma mientras Goku se recupera en el hospital, Krilyn, Bulma y Son Gohanda viajan a Namek con la vieja nave de Kami Sama, reparada y mejorada por el padre de Bulma, en Capsule Corporation. No saben que Vegeta también se ha dirigido al planeta Namek para buscar estas bolas mágicas, pues ha descubierto que Freezer tiene la intención de utilizarlas...Ya en Namek, Vegeta ha aumentado su capacidad de combate y se deshace fácilmente de Kiwi, un guerrero que le perseguía. Al descubrir la difícil situación, Goku decide viajar él mismo al planeta Namek en una nave que le ha construído Brief, padre de Bulma. Además, se podrá entrenar durante el largo viaje, gracias a un sistema que ha implantado Brief, con diferentes niveles de dificultad. Gohan y Krilyn han descubierto que Freezer y sus guardaespaldas, Zarbón y Dodoria, han acabado con varios namekianos, amenazándoles para encontrar las bolas mágicas. Descubren que son mucho más grandes que las de la Tierra. Viendo esta situación, Gohan decide salvar a un pequeño namekiano, Dende, al ver como moría uno de sus compañeros. Dende fue el último superviviente de su poblado. Dodoria se encuentra con Vegeta e inician un combate. Además, éste le revela la verdad sobre la destrucción del planeta Vegeta. Y Vegeta acaba con él. El propio Vegeta se dirige a un poblado y extermina a sus habitantes para conseguir una bola de dragón, pero se encontrará con Zarbón, que lo toma como nuevo prisionero. Frente a la cinco bolas mágicas de Freezer, Vegeta sólo posee una. Dende revela a Gohan y Krilyn, pues Bulma se ha quedado cerca de la nave, que la otra bola de dragón se encuentra con el Gran Saichoro, padre de los namekianos, así se dirigen hacia él para salvar la situación. El Gran Saichoro les concede la bola mágica y aumenta el potencial de Krilyn y Dende, tras haberles examinado.Ante todo ésto, Freezer no está completamente seguro y acude a sus Fuerzas Especiales. Gohan ha conseguido hacerse con la bola mágica de Vegeta. A su vuelta, Vegeta, que ha robado las bolas de dragón a Freezer, persigue a Krilyn. Por el camino, encuentra Zarbón y esta vez lo elimina. A sus cinco bolas mágicas suma la de Krilyn y ya posee seis. Podemos analizar bien esta situación, está claro lo que hubiera ocurrido si Gohan no hubiera cogido la bola de dragón que consiguió Vegeta por su cuenta. Ahora Vegeta se dirige a la casa del Gran Saichoro y detecta a Krilyn, Gohan y las Fuerzas Especiales que envió Freezer. Esto supone el inicio de un combate de Vegeta, que se ve obligado a aliarse con Krilyn y Gohan contra todos los miembros de las Fuerzas Especiales: Ginew, Jees, Reecom, Burta y Ghourd. Al inicio, Vegeta consigue acabar con Ghourd, aunque tiene muchas dificultades con Reecomy sale bastante herido. Cuando llega Goku, este los va eliminando uno por uno, aunque los deja vivos. Es Vegeta el que acaba después con ellos. Ahora se enfrentará Goku con Ginew, que emplea la metamorfosis para hacer un cambio de cuerpo. De esto se puede aprovechar Vegeta y el cuerpo de Goku, con Ginew dentro, queda muy herido. Cuando Ginew va a cambiar al cuerpo de Vegeta, Goku se interpone y recupera su cuerpo. En un nuevo intento, Goku lanza un sapo, tal que Ginew queda en el cuerpo del sapo y el sapo en el cuerpo de Ginew. Posteriormente Ginew hará un cambio con el cuerpo de Bulma. Vegeta lleva a Goku a la nave de Freezer para que se cure de sus heridas y Gohan y Krilyn, ambos se visten de Saiyajín.
Freezer descubre que se necesitan unas palabras secretas para llamar al Dragón y ésto sólo lo sabe Dende, que ha ido a visitar a Krilin y Gohan. Así que, Nail, un guerrero namekiano, se queda a cuidar al Gran Saichoro, que pronto morirá. Nail consigue entretener a Freezer bastante tiempo, que ha ido a buscar a Dende personalmente. Así, Krilyn, Gohan y Dende reúnen las bolas mágicas y descubren que Polunga, dragón de Namek, concede tres deseos. Piden que Piccolo, que había estado entrenando en el más allá con Kaioh Sama y Yamcha, Chaoz y Ten Shin Han, resucite en la Tierra, con lo que vuelven a aparecer las bolas mágicas; que Piccolo sea transportado a Namek, con lo que este se fusiona con Nail, que estaba muy herido, y aumenta en gran medida su fuerza. Con el tercer deseo, Vegeta será inmortal, aunque no lo consigue, porque el Gran Saichoro muere antes de ser concedido y, por ello, no se concede.Ahora Freezer inicia toda unae de transformaciones. En primer lugar parece un monstruo gigante que ataca a Krilyn y lo provoca muchos daños. Entre Vegeta (recibe varios golpes) , Krilyn y Gohan entretienen a Freezer hasta que llegue Piccolo. Dende , que es capaz de curar heridas, cura a Krilyn y a Gohan. Freezer sufre otras dos transformaciones y se enfrenta a Piccolo. Freezer termina con Dende y deja a Vegeta casi muerto. Vegeta, antes de perecer, comenta a Goku la verdadera historia sobre la destrucción del planeta Vegeta.
Se inicia el combate de Goku frente a Freezer. Al comienzo tiene problemas y utiliza un genkidama con la ayuda de sus compañeros, aunque no tiene éxito. Krilyn muere y Piccolo resulta muy herido. Goku consigue transformarse en un Super Saiyajin, con lo que se cumple la leyenda de los guerreros del espacio. Ahora Freezer ha decidido destruir por completo el planeta, así que, mientras tanto, en la Tierra consiguen resucitar a todos los habitantes de Namek muertos a causa de Freezer y transladarlos a la Tierra, con el tercer deseo restante. Freezer va a provocar la explosión definitiva del planeta. Goku le da una última oportunidad de sobrevivir, aunque Freezer lo traiciona... Namek estalla y parece que Goku ha muerto. Los namekianos vivirán un tiempo en la Tierra, hasta que se reúnan las bolas mágicas para invocar a Polunga, con lo que resucitan Yamcha, Ten Shin Han y Chaoz y Namek vuelve a su estado normal. Goku se niega a ser resucitado, porque está vivo y volverá a la Tierra cuando él mismo quiera.Ha pasado un año desde la explosión de Namek y Krilyn detecta una fuerza muy grande que se dirige a la Tierra. Se trata de Freezer, ahora con parte del cuerpo en forma de Robot, y su padre, King Cold, que consiguió recogerle tras la explosión en su nave y reconstruirle. Su propósito es encontrar a Goku y vengarse de él. Sin embargo, aparece Trunks, un chico que proviene del futuro y que ha venido en una máquina del tiempo. Con su espada y muy fácilmente, acaba con Freezer y su padre. Además, Goku llega con una nueva nave y un traje muy peculiar. Trunks habla con él y cuenta lo sucedido en el futuro, donde la Tierra está a punto de ser destruída por unos androides que ha creado el Doctor Gero, superviviente de la Cinta Roja, para destruir a Goku. Trunks resulta ser el hijo de Vegeta y de Bulma, que formaron un matrimonio. Además, Trunks avisa a Goku de que tiene una enfermedad que obtuvo en el planeta Namek, un virus que le afectó directamente al corazón, aunque ahora Trunks trae el medicamento del futuro, donde Goku está muerto.
Goku había conseguido huir del planeta Namek con una de las naves de Ginew y las fuerzas especiales. De esta forma llegó al planeta Yadrath, pues la nave se conducía con un sistema automático. Allí, Goku aprendió una nueva técnica: el "shunkanido" (cambio de lugar instantáneo), que le permitirá transportarse a cualquier zona o planeta donde conzoca a alguien. Lo demuestra viajando rápidamente a Kame House y cogiendo las gafas de Kame Sennin.Bien, estos androides aparecerían en tres años. Trunks vuelve a su tiempo y reaparecerá en estos tres años. Pide a Goku que no diga a nadie nada sobre su nacimiento, pues el mismo Trunks va a nacer en el presente. Piccolo, gracias a sus agudos oídos, ha escuchado toda la conversación y él mismo informa a todos sobre la situación. Tres años después se reúnen en el lugar planeado, el 12 de mayo, a las 9 de la mañana, en una zona que está a 9 km de la Capiltal del Sudeste. Dentro de una hora aparecerían los androides.
Efectivamente aparecieron los androides número 19 y 20. Estos robots tienen la capacidad de absorber energía, aunque Vegeta, transformado en Super Saiyan, como resultado de sus entrenamientos lo vence. Goku permanece en Kame House enfermo, aunque ya ha empezado a tomar su medicamento. El robot A-20 es el Doctor Gero, al cual Trunks no reconoce. Tendrán que destruir el laboratorio antes de que los otros robots fueran activados. Y es que un viaje en el tiempo puede alterar los sucesos que acontecen. El Doctor Gero consigue definitivamente activar a los androides que Trunks conocía: A-17 y A-18, que sorprendentemente destruyen al Doctor Gero y activan a un androide peligroso: A-16. Vegeta los persigue y recibe varias golpes de A-18, con lo que queda avergonzado, porque ha perdido contra una chica. Tal como lo adivina Krilyn, Piccolo se fusiona con Kami Sama, resultando un Piccolo mucho más poderoso. Además, Bulma ha encontrado otra máquina del tiempo, que no es la de Trunks. Alguien más ha venido a este tiempo... Descubren un caparazón, por lo que deducen que un ser ha evolucionado y ha huido de este lugar. Piccolo, a su vuelta, se encuentra con este ser, que con su cola absorbe la energía de varios habitantes de la ciudad. Queda sorprendido cuando le ataca con un Kame Hame Ha, que es una técnica de Goku. Resulta ser Cell, otro robot de Gero realizado con las células de Goku, Piccolo, Goku, Goha, Freezer y King Cold, por medio de un pequeño insecto que fabricó para absorber sus células. El Doctor Gero les había estado espiando desde bastante tiempo.
Si Cell quiere alcanzar su estado de perfección deberá absorber a A-17 y A-18. Como saben que Cell nacerá también en este presente, Trunks y Krilyn destruyen los restos que quedaban del laboratorio. En el templo de Dios, Vegeta y Trunks se entrenan en la habitación del espíritu y el tiempo, donde cuando en realidad ha transcurrido sólo un día, allí transcurre un año, por lo que se puedo sacar mucho provecho del tiempo.Goku ve en Son Gohan a un gran guerrero, que incluso podría superarle. Cell derrota a Piccolo y absorbe A-17, consiguiendo una transformación. Su nivel de poder aumenta increiblemente. A-16 salva a A-18, que logra huir. Se sacrifica por ella y, aunque no le gusta luchar, al fin y al cabo, su objetivo era destruir a Goku, para ello fue programado. Goku salva a Ten Shin Han y Piccolo y se dirige con Gohan a la habitación del espíritu y el Tiempo, de donde ya han salido Vegeta y Trunks. Vegeta podría haber derrotado a Cell con su capacidad actual, ya que había alcanzado un mayor estado de saiyajín, pero prefiere esperar a que consiga su transformación completa.
Habiendo perdido la ocasión para derrotar a Cell, éste amenaza con destruir todas las islas si no se presenta A-18. Por otro lado, Krilyn llega a la isla con un dispositivo para acabar con los androides y así impedir que Cell llegue a su estado de perfección. De esta forma, Krilyn logra acercarse a A-18 con el fin de destruirla, pero entonces recuerda el momento en que ésta le dio un beso y se frena en su intento. Finalmente arroja el control al suelo y acaba destruyéndolo.
Vegeta deja escapar a Cell para q absorba y tome a A-18, y de esta forma poder enfrentarse con un adversario más fuerte, ya que hasta ahora era notablemente superior a Cell e incluso se aburría en combate. Cuando A-18 va a escapar, Cell aparece frente a ella... Trunks se acerca para evitar que Cell posea al androide femenino, pero Vegeta le da una patada y se lo impide.
Al final Cell utiliza el Taiyouken para cegar a todos y en este momento alcanza a A-18 y logra su estado de perfección. A pesar de los intentos de Trunks por frenarle, un campo de fuerza que sale del cuerpo de Cell hace que ocurra lo inevitable...
En el rincón del alma y el tiempo, Gohan consigue alcanzar el estado de Super Saiyan. Trunks, a pesar de lograr el estado de Super Saiyan Dai San Dankai. Sin embargo, en este estado los músculos son más grandes y pierde mucha velocidad, con lo que sigue sin ser un rival para Cell.
Visto que nadie podía superarle, Cell decide convocar un Torneo dentro de diez días para mostrarles su inmenso poder. Allí podrán acudir Gokuh y Gohan, que para entonces ya habrían salido del Rincón del Alma y el Tiempo. Una vez fuera de la sala, Goku y Gohan descansan y siempre permanecen en estado de Super Saiyan. Chichi se asusta al ver a su hijo transformado, porque cree que es un aspecto de delincuente juvenil.
Gokuh también cree importante que vuelvan a aparecer las bolas de dragón. Puesto que Piccolo ya no puede separarse de Kamisama y por tanto es imposible que cree de nuevo las bolas de dragón, Gokuh se teletransporta a Namek, de donde trae a Dende a la Tierra.
Dende tardará 100 días en crear las bolas mágicas, y esta vez tendrán más poder. Shenron podrá conceder no uno sino dos deseos. Por su parte, Mister Satán, el campeón mundial de combate, decide dirigirse al Torneo para acabar con Cell, que lo había anunciado en la TV. Gokuh y los demás se sorprenden de sus estupideces XD, y Satán dice por medio de su reportero que ellos utilizan trucos para simular la batalla.
Cuando Satán sube al ring, es evidente que pierde contra Cell, después de intentar machacarle con una serie de patadas y puñetazos. El siguiente en subir es Gokuh y entonces empieza una buena pelea. Cell se harta del Torneo y destruye el ring. Como ambos tocan el suelo al mismo tiempo, ninguno es desclasificado y la lucha sigue..., hasta que Gokuh se da cuenta de que Cell es superior a él y abandona el combate. Pero anuncia que hay alguien que es más fuerte que él y que sí puede derrotar a Cell. Se trata de su hijo Son Gohan.
De momento, Gohan, a quien no le gusta combatir, no parece ser un rival de Cell. Así que éste decide quitar las habichuelas a Krilyn y destruye a A-16, dejando sólo su cabeza, que aparta de una patada. A-16 intentó activar su dispositivo de autodestrucción, pero al ser reparado por Bulma olvidó que éste ya no funcionaba. Tras contar a los Guerreros Z, Célula crea siete mini Cells que van venciendo.Al fin aumenta el poder de Gohan que Gokuh sabía que se escondía en su interior. Ésto ocurre cuando Cell destruye la cabeza del androide pisándola ante los ojos de Gohan. El androide había dicho a Satán intencionadamente que lanzara su cabeza hacia Gohan y así le dijo que es bueno ser pacífico e intentar resolver los problemas sin un combate. Al estallar la ira de Gohan, se transforma en Super Saiyan 2. Entonces Cell es derrotado con facilidad y de uno de los golpes escupe a A-18. Cell, viéndose vencido, se hincha y activa el plan de autodestrucción. Entonces Gokuh se teletransporta al planeta de Kaito para salvar la Tierra y se despide de sus amigos, muriendo con Kaito y sus mascotas. Éstos se dan cuenta de que a pesar de haber estallado, Cell sigue vivo.
Aunque sólo una pequeñísima parte de Cell había sobrevivido a la explosión, pudo regenerarse y volver a la Tierra para matar a Trunks de un disparo de energía. Ante ésto, Vegeta se ve afectado y se lanza contra Cell, que con un Makankosappo va a eliminar a Vegeta. Gohan lo salva quedando con el brazo derecho inutilizado.
Cell prepara un Kame-Hame-Ha para destruir la Tierra y todo el Sistema Solar. Lamentándose Gohan de no tener el poder para proteger la Tierra, Gokuh lo anima para que se esfuerce al máximo. Entonces Vegeta lanza un rayo de energía a Cell y gracias a esta distracción, Gohan devuelve el ataque de Cell y destruye cada una de sus partículas.
Mister Satán se anuncia como el ganador y salvador de la Tierra. Los Guerreros Z invocan a Shenron y resucitan a todos los muertos a causa de Cell. Gokuh no resucita, ya que ya había sido revivido antes. Gokuh les dicen que no se preocupen, ya que ahora hay paz en la Tierra y no lo necesitarán más. Él entrenará en el Más Allá. Como segundo deseo, Krilyn pide que se elimine la bomba que A-18 lleva dentro.
Trunks regresa al futuro, acaba con A-18, A-17 y el propio Cell, que intentaba robarle la máquina del tiempo...